保険医療機関・保険薬局の指定申請手続き

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手続きの流れ

指定の申請

定められた申請様式に基づき、医療機関・薬局が所在する都県を管轄する事務所（埼玉県にあっては指導監査課）に申請が必要です。

指定日について

・保険医療機関・保険薬局の指定は、申請者の希望がない限り毎月1日付けで行われます。

・保険医療機関等の指定を行う際には、健康保険法等の規定により、地方社会保険医療協議会の部会への諮問が行われます。そのため、地方社会保険医療協議会の部会の開催が月1回行われることを踏まえ、原則として指定日も毎月1回、各月の1日を指定日とするものです。ただし、申請者から1日以外の指定の申出があったっ場合には、地方社会保険医療協議会の部会開催の翌月のいずれの日でも指定を可能としています。（遡及指定に関するものを除く。）

指定の遡及について

次の場合は、例外的に、指定期日を遡及して指定を受けることができます。

保険医療機関等の開設者が変更になった場合で、前の開設者の変更と同時に引き続いて開設され、患者が引き続き診療を受けている場合。
保険医療機関等の開設者が「個人」から「法人組織」に、又は「法人組織」から「個人」に変更になった場合で、患者が引き続き診療を受けている場合。
保険医療機関が「病院」から「診療所」に、又は「診療所」から「病院」に組織変更になった場合で、患者が引き続き診療を受けている場合。
保険医療機関等が至近の距離に移転し同日付で新旧医療機関等を開設、廃止した場合で、患者が引き続き診療を受けている場合。

添付書類

病院にあっては使用許可証、診療所にあっては、使用許可証又は許可書若しくは届書、国の開設する病院又は診療所にあっては承認書又は通知書、薬局にあっては許可証のそれぞれの写し
病院又は診療所にあっては保険医（管理者を除く。）、薬局にあっては保険薬剤師（管理薬剤師を除く。）の氏名及び保険医又は保険薬剤師の登録の記号及び番号並びに担当診療科名を記載した書類
2に掲げる者以外の医師、歯科医師及び薬剤師のそれぞれの数を記載した書類
病院又は病床を有する診療所にあっては、看護師、准看護師及び看護補助者のそれぞれの数を記載した書類
その他指定の適格性等を確認するために必要な書類
（1）病院、診療所、薬局
ア.　診療時間
（注1）保険医療機関（保険薬局）の指定後に予定している診療日及び診療時間（開局日及び開局時間）について、通常週（年末年始、祭日がない週）の状況が分かるように記載すること。
（注2）2～5（1）の添付書類については、様式を印刷する際に同時に印刷される「保険医療機関・保険薬局指定申請書添付書類（様式）」をご利用願います。
（2）薬局
ア.　土地建物登記簿謄本（※）又は賃貸借契約書の写
イ.　周辺図
（注）近隣の医療機関の位置が分かるように記載すること。
ウ.　平面図
（注1）敷地内にある全ての建物が分かるように記載すること。（薬局の置かれる建物は分かるようにしておくこと。）
（注2）敷地内の建物に医療機関が存在する場合（予定を含む。）は、その旨を記載すること。
（注3）薬局の出入口が公道又はこれに準ずる道路と面しているか確認できるよう記載すること。
エ.　同一建物内のテナント名が分かる書類（雑居ビル等に薬局を開設する場合のみ）
保険薬局の新規指定及び指定更新に係る確認書類（薬局の場合のみ）
オンライン資格確認の導入計画書（別紙2）または、オンライン資格確認導入の猶予届出書（別添2）（オンライン資格確認の経過措置に該当する場合）
在宅医療のみを実施する医療機関の指定に係る確認様式（在宅医療のみを実施する保険医療機関の場合のみ）
受付番号情報提供依頼書兼回答書の写

指定申請にあたり、こんな悩みはありませんか

1. 申請書類の煩雑さと地域差

申請は「都道府県（厚生局の地方支分部局）」への提出となりますが、地域ごとに求められる書類の細部や提出様式が異なります。
特に、以下の点で混乱が生じやすいです。

提出書類の最新版が自治体や厚生局サイトで異なる
クリニックの開設形態（医療法人・個人）によって添付書類が異なる
賃貸物件の場合、賃貸契約書や使用承諾書の有無確認が複雑

2. 施設基準や人員要件の理解不足

診療科目や施設基準ごとに求められる人員配置・面積・設備要件が細かく、特に次の部分で悩みが多く見られます。

常勤医師・非常勤医師の勤務時間と「常勤扱い」の要件
看護師・薬剤師の配置時間の証明方法
処方箋交付体制、標榜科目との整合性
保険薬局における調剤設備（調剤室面積、無菌調剤設備など）の基準

3. 開設スケジュールとの調整

保険指定は「毎月1日付指定」が原則で、締切日を過ぎると翌月扱いとなるため、開院スケジュールとの整合を取るのが難点です。

開設届や消防検査、医療機器設置、保健所許可とのタイミング調整
厚生局審査スケジュールを把握せずに準備を進めてしまうケース
開設日＝保険診療開始日と誤認して準備が遅れる

4. 法人・個人事業主の名義管理の不整合

申請書類や契約関係書類において、開設者名義と賃貸契約者名義が一致していないと却下・差戻しになるケースが頻発します。
特に医療法人設立と同時に申請を行う場合、

定款認証、登記、医療法人許可が完了していない段階での申請書提出
銀行口座や印鑑証明の名義ズレ
といった点で手戻りが発生しやすいです。

それでも申請にお困りなら

1. 法令・行政手続きに精通した実務代行

社労士は医療法、医師法、薬機法、労働基準法など、関連する法令の交錯点に強い専門家です。
指定申請では単に書類を整えるだけでなく、人員配置・雇用契約・勤務体制が法的に整合していることが前提となります。

たとえば次のような実務上の確認を、社労士が正確に代行します：

常勤・非常勤医師の勤務時間の証明方法
雇用契約書・勤務表の整合確認
管理者（院長）・従業員の兼務制限への対応
勤務実態に基づく労働条件届・36協定との整合性

結果として、書類の差戻しや審査遅延を防ぎ、スムーズな指定取得を実現します。

2. 開設スケジュール全体の工程管理

社労士は、保健所・厚生局・社会保険関係（年金事務所、ハローワーク、労働基準監督署）への届出全体を一括管理できます。
開院スケジュールの中で、「いつ・どこへ・何を」提出すべきかをタイムライン化し、抜け漏れなく進行できます。

例：医療法人設立許可 → 登記完了 → 保健所届出 → 厚生局指定申請 → 労働保険成立届 → 社会保険新規適用届

　この一連の流れを、社労士が開業支援計画として整理・実行します。

3. 人員・労務体制の適正化アドバイス

指定申請では、単に医療従事者がいればよいわけではなく、常勤要件・勤務実態の裏付けが求められます。
社労士は次のような視点から助言を行います：

労働契約書・勤務シフトを施設基準に合致させる
社会保険加入状況を人員基準に整合させる
採用予定者の雇用契約開始日を指定申請に合わせる
これにより、後日「常勤要件不備」「労働条件違反」といったトラブルを未然に防止できます。

4. 行政対応・調査時のリスク回避

指定後には、厚生局や社会保険診療報酬支払基金による「個別指導」「適正実施調査」などが行われます。
社労士が初期段階から関与している場合、以下のような予防体制が整います：

勤務実態と申請内容の整合性資料の保管
管理者交代・施設変更時の変更届提出支援
行政調査時の説明資料作成・出席補助

結果として、指定取消・返還命令などの重大リスクを回避できます。

5. 医療機関運営との一体的支援

社労士は単なる申請代理人にとどまらず、「開院後の人事・労務管理」まで視野に入れた伴走支援が可能です。

スタッフ採用・労働条件整備
就業規則・労使協定の策定
勤怠・給与システムの導入支援
診療報酬請求業務との連動した人件費管理

指定取得から運営体制構築までを一本化できる点は、医療専門の社労士に依頼する最大の強みといえます。

6. 総合的なメリットまとめ

観点	自主申請との比較	社労士依頼時のメリット
手続効率	書類不備・差戻しが多い	法令・地域基準に沿った迅速な対応
スケジュール管理	手続順序の混乱	開設全体の進行管理を一元化
労務整合性	雇用契約・届出にズレ	基準適合の労務体制を設計
行政調査対応	事後対応型	予防・記録管理まで支援
運営体制	手続終了で関係終了	開設後の労務顧問として継続支援